甲状腺手术与其他类型的外科手​​术一样,随着医疗技术日趋成熟,安全性及手术成功率均极有保障。当然,所有手术均有其风险性,而甲状腺手术可能导致的手术风险包括︰
 
声沙︰
常见的甲状腺手术后遗症便是声沙。这种情况,主要是因「喉返神经」(位于甲状腺与气管之间的一条极幼神经线,负责控制声带肌肉)在手术中受损伤所致。 患者在说话时声音变得沙哑,但绝大部份个案只属短暂性质,只要待损伤康复,声沙情况也可逐渐改善。
 
副甲状腺受损︰
副甲状腺在左右两边各有两粒,控制人体钙质水平,一旦在手术中受损,可影响血液中钙质水平,个别情况下亦可令病人有手指麻痹、抽筋等现象。 但综合来说,这种风险发生率在5%以下,亦多属短暂性质,在完全康复前,病人可在医生指示下,服用钙补充剂维持钙质正常水平。
 
出血︰
手术出血属极罕有的事故,主诊医生会按情况作紧急处理。

负责手术的外科医生,会靠着本身的经验、技术及即时判断能力,尽量减低上述后遗症的风险