甲狀腺手術與其他類型的外科手術一樣,隨著醫療技術日趨成熟,安全性及手術成功率均極有保障。當然,所有手術均有其風險性,而甲狀腺手術可能導致的手術風險包括︰
 
聲沙︰
常見的甲狀腺手術後遺症便是聲沙。這種情況,主要是因「喉返神經」(位於甲狀腺與氣管之間的一條極幼神經線,負責控制聲帶肌肉)在手術中受損傷所致。 患者在說話時聲音變得沙啞,但絕大部份個案只屬短暫性質,只要待損傷康復,聲沙情況也可逐漸改善。
 
副甲狀腺受損︰
副甲狀腺在左右兩邊各有兩粒,控制人體鈣質水平,一旦在手術中受損,可影響血液中鈣質水平,個別情況下亦可令病人有手指麻痺、抽筋等現象。 但綜合來說,這種風險發生率在5%以下,亦多屬短暫性質,在完全康復前,病人可在醫生指示下,服用鈣補充劑維持鈣質正常水平。
 
出血︰
手術出血屬極罕有的事故,主診醫生會按情況作緊急處理。

負責手術的外科醫生,會靠著本身的經驗、技術及即時判斷能力,盡量減低上述後遺症的風險